한성백제박물관 건물 외형은 몽촌토성의 윤곽을 나타내면서도 해양국가 한성백제를 상징하는 배모양으로 디자인하였으며 주변환경과 자연스럽게 어울리면서 지역상징이 될 수 있도록 설계하였다. 건물이 비스듬한 것은 바다에 떠 있는 배를 나타낸 것이다. 백제는 한강과 서해를 통해 중국, 일본과 무역하면서 국력을 키워나갔다. 몽촌토성과 700m 떨어져 있는 풍납토성이 배 모양일 정도로 백제는 해양국가를 꿈꾸었던 것으로 추정된다. 백제의 해양국가 특징을 건물에 반영했으며 옥상에 있는 엘리베이터는 돛을 나타냈다.